La recherche scientifique et l'enseignement constituent les principales missions de l'Institut Pasteur du Maroc. En effet le décret Royal N° 176-6 du 14 Rabia I 1387 ( 23 Juin 1967) relatif à cet établissement stipule dans son article 2 que l'Institut est chargé de poursuivre des recherches sur les maladie infectieuses et parasitaires de l'homme, des animaux et des plantes et de contribuer à l'enseignement de la microbiologie et de la parasitologie, ainsi que d’accueillir des stagiaires marocains ou étrangers. C'est alors que depuis sa création les dirigeants de l’Institut Pasteur du Maroc ont toujours veillé au développement de la recherche scientifique. Ainsi plusieurs thèmes de recherche, aussi bien fondamentale qu’appliquée, ont été développés, soutenus par des financements propres à l’Institut Pasteur ou par des organismes nationaux ou internationaux.

Le département de recherche est composé de deux divisions, la première est axée sur la recherche sur des maladies transmissibles, alors que la deuxième division regroupe des laboratoires dont les travaux sont portés sur les maladies non transmissibles, en l’occurrences les maladies génétiques, les cancers non infectieux, ainsi que les intoxications scorpioniques et ophidiennes.

Le personnel du département de recherche est composé de 39 chercheurs ou assistants de recherche, dont 31 docteurs biologiques, 1 médecin, 1 ingénieur et 6 assistants titulaires de masters.

Durant ces dernières années beaucoup de résultats ont été obtenus grâce, notamment aux efforts entrepris dans le domaine du renforcement des capacités, par la formation du personnel, l’acquisition d’équipement de pointe, et l’aménagement de locaux répondant aux normes internationales.

Restant fidèle à la tradition Pasteurienne, le département de recherche et enseignement participe à l'enseignement et à la formation continue pluridisciplinaire par l’organisation de manifestations scientifiques (Congrès, séminaires, ateliers etc..), l'encadrement d'étudiants chercheurs, de résidents en médecine, en pharmacie, d’ingénieurs, ainsi que de techniciens de laboratoire.

De nombreuses conventions ont été signées avec différents établissements universitaires, se traduisant par des collaborations scientifiques. En effet, actuellement 42 étudiants préparent leurs thèses dans les différents laboratoires de département de recherche à l’IPM.