Laboratoire Virologie L3

Laboratoire Virologie L3

Laboratoire Venins et Toxines

Laboratoire Venins et Toxines

Formation et Encadrement des Etudiants

Formation et Encadrement des Etudiants

Microbiologie


Bactériologie Moléculaire

Les activités du laboratoire de bactériologie moléculaire portent sur un problème majeur de Santé Publique à savoir la résistance aux antibiotiques. Les travaux de recherche réalisés dans le laboratoire de bactériologie moléculaire sont axés essentiellement sur l’identification des mécanismes de résistance aux bétalactamines et aux quinolones chez les bactéries à gram négatif notamment les entérobactéries et chez les grams positifs, les staphylocoques et les entérocoques. De même et devant l’augmentation de la résistance aux antibiotiques et la diminution de la mise sur le marché de nouvelles molécules d’antibiotiques, notre laboratoire s’intéresse également à l’effet de certaines substances Chimiques et enzymatiques sur les souches de certaines bactéries pathogènes sous forme libre et/ou en vie communautaire sous forme de biofilms. Par ailleurs, le laboratoire participe à la formation et à l’encadrement des étudiants des différentes universités du royaume dans le cadre de la préparation de différents diplômes universitaires (Master, Doctorat, Projet de fin d’étude, diplôme d’Ingénieur). Le laboratoire est également impliqué dans les enseignements universitaires, en particulier dans la formation des Master en Microbiologie .

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Responsable

 Timinouni Mohammed		Chercheur

Membres de l'équipe

  • El Azhari Mohamed		Chercheur
  • Bourjilat Fatna			Chercheur
  • Nayme Kaotar			Assistante de Recherche
  • Barguigua Aboudihaj		Post-Doc
  • Oufrid Salwa			Doctorante
  • Hannioui Imane			Doctorante
  • Ghazlane Zineb			Doctorante
  • Serraj Bahija			Doctorante

Travaux en cours:

Titre: Les Entérobactéries et Résistance aux bétalactamines et aux quinolones .

La résistance des entérobactéries aux céphalosporines de troisième génération (ERC3G), notamment par production d’enzymes (ß-Lactamases à Spectre Etendu ou BLSE, céphalosporinase de type AmpC et Carbapenèmases), a augmenté ces dernières années de façon très préoccupante. Ces enzymes sont portées par des éléments génétiques mobiles et transmissibles, et donc très épidémiques. La résistance par mécanisme enzymatique s’est installée dans la communauté, touchant ainsi les bactéries les plus couramment rencontrées. Ceci incite les cliniciens à recourir aux cabapénèmes, qui sont souvent le dernier rempart thérapeutique dans les infections graves.

Concernant la résistance aux quinolones longuement considérée comme étant d’origine chromosomique quatre nouveaux mécanismes de résistance a médiation plasmidique ont été récemment décrits à savoir, les gènes qnrA, B, S, C et D, le gène aac(6’)-Ib-cr, le gène qepA, et le gène oqxAB.

Sur le plan phénotypique, la résistance dite à bas niveau conférée par ces mécanismes reste difficilement décelable, mais son association éventuelle aux mécanismes chromosomiques induit une augmentation considérable des CMI de la ciprofloxacine.

Toutefois, peu de données sont disponibles au Maroc sur la prévalence de ces gènes de résistance plasmidique chez les entérobactéries. C’est ainsi que notre étude, se veut à la fois prospective, analytique et comparative, s’intéressant surtout aux entérobactéries isolées en milieu communautaire marocain, dans une optique visant à étudier leur contenu génétique plasmidique quant à ces mécanismes de résistance aux quinolones. Nos projets de recherche s’intéressent également à l’étude de la coexistence de ces gènes PMQR avec les gènes de résistance aux ß-lactamines

En termes de santé publique, nos travaux sur la résistance permettront d’établir une cartographie de l’état de la résistance aux antibiotiques chez les entérobactéries d’origine communautaire et renforcer la maitrise et le contrôl de ces résistances au Maroc par l’élaboration d’un réseau de surveillance.



Titre: :Effet des produits chimiques et enzymatique sur l’adhésion et formation de biofilm bactérienne.

Dans leur environnement naturel, les microorganismes se développent majoritairement et préférentiellement à l’état sessile fixés sur des supports, organisés en communautés structurées, et englobés dans une matrice d’exopolysaccharide désigné le slime. Ce mode de vie microbienne est appelé biofilms. Ces derniers peuvent être à l’origine de problèmes sérieux dont l’impact économique et sanitaire est considérable.

Dans cette optique notre étude a pour but principale l’utilisation des produits chimiques, synthétiques et enzymatiques pour désorganiser la matrice qui protège le biofilm. Ces applications pourraient sans doute constituer un moyen abordable en assurant une hygiène optimale des surfaces dans divers secteurs et en l’occurrence éliminer les bactéries pathogènes résistantes.



Titre: Le portage intestinal des Entérocoques communautaires résistants à la Vancomycine

En plus de leur capacité de résistance à de nombreux antibiotiques, les entérocoques sont souvent porteurs de facteurs de virulence qui favorisent la colonisation et l'invasion tissulaire de l'hôte et leurs assurent une protection vis-à-vis des réponses immunitaires innées et acquises. Bien que plusieurs protéines de surface et sécrétées impliquées dans la virulence aient été identifiées, peu de choses sont connues concernant les mécanismes de la pathogenèse chez E. faecalis. En plus ces bactéries du tube digestif pourraient constituer un réservoir de gènes de résistance de type VanB. Notre laboratoire s’intéresse à la détermination de la prévalence des entérocoques vancoR du portage intestinal ainsi que l’identification du mécanisme moléculaire impliqué dans les résistances à la vancomycine et aux aminoglycosides.



Titre:Identification et caractérisation des Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline isolés du milieu hospitalier et extrahospitalier

Staphylococcus aureus est l’un des microorganismes pathogènes offrant le plus de résistance. Il se développe sur les muqueuses et la peau d’environ un tiers de la population, et il s’adapte très rapidement à la pression sélective des antibiotiques. Ce fut la première bactérie à présenter une résistance à la pénicilline, dès 1947, soit cinq ans après le début de la production de masse de cet antibiotique. La methicilline était alors l’antibiotique de choix. Le SARM (Staphylococcus aureus résistants à la methicilline) a été découvert en 1961 en grand Bretagne. Le SARM est désormais assez courant en milieu hospitalier, puis en milieu communautaire.

Parmi les antibiotiques utilisés en thérapie humaine, l’acide fusidique qui est un antibiotique lentement bactéricide et un peu plus actif sur les souches de S. aureus sensibles à la methicilline que sur celle résistantes.

Nos recherches sont focalisées sur la détermination de la prévalence des SARM hospitalier et extrahospitalier, leur typage agr, ainsi que leur habillage toxinique.

L’analyse des mécanismes de résistance à l’acide fusidique et le typage des souches multirésistantes est aussi explorée.


Chlamydia-Mycoplasmes



Les Chlamydioses et les Mycoplasmoses sont parmi les maladies infectieuses les plus courantes, elles évoluent dans le temps dans tous leurs aspects, qu'ils soient étiologiques, épidémiologiques et cliniques, en fonction des conditions socioéconomiques dans lesquelles vivent les sujets qui en sont atteints et des thérapeutiques préventives et curatives qui peuvent leurs être préconisées Elles constituent un problème de santé public auxquelles le corps médical doit porter intérêt.

Ce sont des bactéries intracellulaires responsables de manifestations pathologiques extrêmement sévères et variées aussi bien chez l’Homme que chez de nombreuses espèces animales, selon l’espèce infectante et le site infecté

Chlamydia trachomatis et les mycoplasmes urogénitaux représentent les premières infections sexuellement transmissibles de part le monde, dans la majorité des cas asymptomatiques et inapparentes. L’infection à C. trachomatis peut se compliquer chez la femme en grossesse extra-utérine ou en infertilité, suite à l’inflammation et l’obstruction des trompes. Chez l'homme, elle peut être responsable d'urétrites qui se compliquent en prostatites et épididymites. Cependant, l’infection par les Mycoplasmes urogénitaux peut être à l’origine des avortements. Les Chlamydiae et les mycoplasmes sont impliquées dans des pathologies spécialement génitales, mais certaines souches sont responsables de pathologies oculaires, respiratoires et peuvent être impliqués dans les maladies cardiovasculaires.

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Résponsable

Dr.RADOUANI Fouzia

Membres de l'équipe

  • Loubna ELYAZOULI               Etudiante
  • Zakaria EL YAZGHI              Etudiant
  • Siham ETTOURABI                Etudiante
  • Soumaya MAOUHOUB               Etudiante

Missions

1-Assurer l'activité de diagnostic de ces infections

2-Entreprendre des activités de recherche en rapport avec les Chlamydiae, les Mycoplasmes et les pathologies qui leurs sont associées dans l’objectif de :

-Etablir des programmes de surveillance

-Adopter une stratégie de prise en charge et de contrôle de ces infections afin de limiter leur évolution et complications redoutables

Travaux en cours :

projet 1

Titre:Etude de la part de l’infection à Chlamydophila pneumoniae dans les Maladies Cardiovasculaires

Objectif : Evaluation du degré d’association par une étude Cas/témoins et la caractérisation moléculaire des souches circulantes.

: Chlamydophila pneumoniae (C. pneumoniae) est une bactérie intracellulaire obligatoire. Il est surtout connu comme un agent pathogène respiratoire, responsable des pneumonies communautaires, des bronchites et des sinusites. De nombreuses études ont montré que C. pneumoniae peut être impliqué dans le développement des maladies cardiovasculaires, particulièrement l'athérosclérose qui est un véritable problème de santé publique dans le monde entier. À travers notre travail nous prévoyons évaluer la part de l'infection à C. pneumoniae chez des patients atteints de maladies cardiovasculaires, en menant une étude Immunologiques et moléculaires (étude cas/témoins).

projet 2

Titre: Les Mycoplasmes urogénitaux dans les infections génitales : Prévalence et Sensibilité aux antibiotiques

Objectif :Le but principal de cette étude est d'évaluer le taux d'infection par les mycoplasmes urogénitaux, étudier la sensibilité aux antibiotiques des souches circulantes et effectuer une étude moléculaire des gènes de résistance.

Dans un travail effectué dans notre laboratoire, nous avons pu déceler une forte prévalence d’Ureaplsma urealyticum et Mycoplasma hominis avec un taux alarmant d’antibio-résistance. A la lumière de ces résultats , nous avons décider de mener en une surveillance des infections à Mycoplasmes urogénitaux chez des patients présentant des pathologies urogénitales, chez qui nous recherchons toutes les espèces de Mycoplasmes impliquées dans les infections urogénitales, effectuer leur caractérisation moléculaires et étudier le gènes de résistance aux antibiotiques


Meningocoques

L’objectif du laboratoire des méningocoques de l’Institut Pasteur du Maroc est la surveillance de l’épidémiologie du méningocoque grâce aux marqueurs phénotypiques et génotypiques ; caractérisation complète ...

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Responsable

Dr.Aziza RAZKI

Travaux en cours

Titre:: Surveillance Epidémiologique des Infections Invasives à Méningocoques La méningococcie invasive est une infection grave qui se produit dans le monde entier. Neisseria meningitidis (N.m) demeure l'une des principales causes de méningite bactérienne dans tous les âges, en majorité chez l’enfant. C'est une bactérie fragile, pathogène strict de l'homme. L’infection peut être fatale ou laisser des séquelles. Par son grand potentiel épidémique invasif ; la méningococcie est considérée comme l'une des principales causes de décès. Au Maroc le taux de létalité dépasse les 20%. La bactérie peut néanmoins atteindre des sites anatomiquement stériles et être responsable d’infections graves appelées infections invasives à méningocoques (IIM).

Les IIM sont à déclaration obligatoire et représentent un important problème de santé publique dans le monde. Les IIM peuvent être la cause de mortalité ou laisser des séquelles importantes. Elles exigeant une prise en charge d’urgence et imposent une surveillance épidémiologique constante.

L’objectif du laboratoire des méningocoques de l’Institut Pasteur du Maroc est la surveillance de l’épidémiologie du méningocoque grâce aux marqueurs phénotypiques et génotypiques ; caractérisation complète. Afin d’identifier les clones de méningocoques responsables d’infections majeures dans notre région. Bien que les méningocoques puissent remanier très rapidement leur génome par le processus de transformation et recombinaison, certains clones ou groupes de clones génétiquement très proches ont été associés à des élévations de l’incidence de la maladie pendant plusieurs décennies à travers le monde. Un clone avec un potentiel épidémique peut aboutir à une dissémination mondiale en quelques années.

L’étude comprend trois axes :

1- Décrire de façon prospective le profil épidémiologique du Méningocoque par PCR et Surveiller sa résistance aux antibiotiques à visée thérapeutique et prophylactique.

2- Décrire la diversité génétique par MLST du Men B et du séquençage complet du génome.

3- Tester l'expression et cross-réactivité des antigènes vaccinaux par le système de typage des antigène ou MATS (Meningococcal Antigène Typing System)


Microbiologie Alimentaire

Les salmonelloses sont des maladies provoquées par des entérobactéries du genre Salmonella. La plupart des Salmonella sont hébergées dans l'intestin des animaux vertébrés et sont le plus souvent transmises à l'homme par le biais d'aliments contaminés. Le laboratoire de microbiologie des aliments situé au département de sécurité des produits alimentaire et environnement participe à la surveillance des salmonelloses. Chaque année le laboratoire expertise de 80 à 150 souches de Salmonella provenant des laboratoires privés de ville (laboratoires d’analyses de microbiologie des aliments), des laboratoires de centres hospitaliers, des Instituts de recherche halieutiques et des laboratoires vétérinaires. Son rôle de premier plan, le suivi de l’émergence de souches multirésistantes en participant à l’enquête épidémiologique en effectuant le sérotypage, le typage moléculaire des souches bactériennes, il analyse le suivi de la sensibilité aux antibiotiques des Salmonella au cours du temps, il adapte de nouveaux outils moléculaires pour le suivi des souches bactériennes et collabore avec le Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella (CNR) et le laboratoire de microbiologie CHU Casablanca.

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Responsable

Dr.Brahim Bouchrif

Membres de l'équipe

  • Dr.Bouchra KARRAOUAN
  • M.Rachid BOUTAIB		Etudiant
  • Mm.Nadia AMAJOUD		Etudiante
  • Mm.Nadia ZYATE			Etudiant
  • Mm.Kawtar NAYME			Etudiante

Travaux en cours:

Titre: Typage moléculaire par électrophorèse en champ pulsé des Salmonella Infantis isolées à Casablanca Maroc.

Le génotypage des souches de Salmonella est un outil moléculaire important pour différencier les isolats et d’améliorer les études épidémiologiques lors d’une épizootie. Parmi les méthodes de génotypage basées sur l'ADN, l’électrophorèse en champ pulsé (PFGE) reste actuellement parmi les méthodes de génotypage utilisées pour la différentiation des sous types de Salmonella. Dans cette étude, nous évaluons la faisabilité du typage moléculaire des Salmonella Infantis utilisant l’enzyme XbaI. L’électrophorèse en champ pulsé est utilisée pour la séparation des fragments d’ADN. Une collection de 26 souches de Salmonella Infantis isolées dans différentes régions de Casablanca – Maroc, ont fait l’objet de cette étude. Les résultats des tests de sensibilité aux antibiotiques ont montré que 80,76 % des Salmonella isolées sont sensibles à tous les antibiotiques testés et 19,24 % présentent un bas niveau de résistance aux beta-lactamines. Seule une souche présente un intégron de classe 1 d’une taille de 0,8kb. Cinq profils élèctrophorétiques différents ont été définis par une électrophorèse en champ pulsé utilisant l’enzyme XbaI. En conclusion, le PFGE reste un outil moléculaire important pour le typage des Salmonella Infantis.



Titre: Prévalence, sensibilité aux antibiotiques et gènes de virulence des Salmonella isolées des élevages de poules pondeuses au Maroc.

Les élevages de poules pondeuses contaminés par des Salmonella non typhiques représentent un problème de santé publique à l’échelle mondiale. Sur trois grandes régions (Rabat-Salé-Zemmour-Zaër (RSZZ), Souss-Massa-Drâa (SMD) et le Grand Casablanca (GC)], des prélèvements ont été réalisé à partir de la liste des élevages commerciaux de poules pondeuses autorisés au Maroc. Au cours de cette étude, 351 prélèvements ont été réalisés au niveau de 30 élevages et analysés pour la recherche de salmonelles durant la période étalée sur 4 mois (Avril - juillet 2011) ; 64 souches de salmonelles ont été isolées et identifiées par Api 20E , la prévalence de contamination par les salmonelles dans les élevages de poules pondeuses est de 73,3 % ; 7 différents sérotypes ont été identifiés, Enteritidis (37.5 %) était le plus fréquent, suivi par, Kentucky (31.2 %), Infantis (9.3 %), Typhimurium et Thompson (6.2 %), Agona (4.6 %) et Amsterdam (3.1%) . Les résultats des tests de sensibilité aux antibiotiques ont montré que 65.6% des Salmonella isolées sont résistantes à au moins un antibiotique, 29.6% à au moins deux antibiotiques, et 25% sont résistant à la ciprofloxacine. Toutes les souches Salmonella étudiées étaient positives pour le gène d’invasion InvA et 28% (18/64) sont positives pour le gène de virulence SpvC. Toutes les Salmonella Enteritidis résistantes à l’acide nalidixique sont négatives pour les gènes Qnr (A, B,S). A l’issue des résultats retrouvés dans cette étude, il s’avère nécessaire de mettre en place un programme d’épidémiosurveillance et de contrôle des salmonelles non typhiques au niveau des élevages de poules pondeuses au Maroc

Titre: The first report of SHV-12 producing isolates of Salmonella serovar Agona from turkey meat (Meknès – Morocco).

Titre: Participation à l’analyse génomique poussée par séquençage entier des souches de Salmonella chester



Titre: Etude des souches d’Escherichia coli isolées des denrées alimentaires.



Titre: Antimicrobial resistance in Salmonella isolated from shellfish in mediterranean coast, Morocco

This study aims to determine prevalence of Salmonella in shellfish and to study their resistance to antibiotics. Samples : three species of shellfish (cockles, clams and mussels) were sampled monthly in six sites during period 2008 and 2012.

Pathologie-oncologie gastrique

Helicobacter pylori et Cancer Gastrique : H. pylori est un agent carcinogène gastrique de classe 1 (OMS, 1994). L’infection contractée dans l’enfance, généralement avant 10 ans, persiste chez la plupart des individus toute la vie en l’absence de traitement. Actuellement, avec un taux d’infection atteignant 50% de la population mondiale, l’infection à H. pylori est la plus répondue au monde. Elle est caractérisée par une disparité géographique. Dans les pays industrialisés, la prévalence varie de 20 à 40 %, mais dans les pays en voie de développements, elle se situe entre 70 et 90 %. Dans notre laboratoire, H.pylori a été mis en évidence chez 71% de la population étudiée (Casablanca et Rabat) si bien qu’elle constitue un véritable problème de santé publique. Les facteurs qui influencent l’incidence et la prévalence de l’infection à H. pylori sont l’âge, le sexe, les facteurs géographiques et les facteurs socioéconomiques. Le mode de transmission de H. pylori est encore incertain. Etant donné que la bactérie H. pylori a été isolée dans des selles ainsi que dans la salive et sur des plaques dentaires, ceci laisse supposer qu’une transmission est possible par voie oro-orale ou féco-orale. Cette transmission est favorisée par le manque d’hygiène, le caractère insalubre de l’eau de boisson, la mauvaise hygiène alimentaire et la promiscuité

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Responsable

Dr. Fatima MAACHII

Membres de l'équipe

  • Mm.Salwa Nadifiyine
  • Mm. Amel Essadik		Etudiante
  • Mm.Fatima-Zohra Sabri		Etudiante
  • M.Théophile Uwiringiyeyezu	Etudiant
  • M.Wahid Hajji 			Etudiant
  • Mm.Karima Lefdili Alaoui	Etudiante

Travaux en cours:

Titre: Résistance aux traitements et échec d'éradication de H. pylori: Méthodes de détection génotypique et mécanisme de résistance

L’éradication de Helicobacter Pylori préconisait en première intention une trithérapie de 7 à 14 jours associant clarithromycine , amoxicilline et un inhibiteur de la pompe à proton à double dose (IPPDD). Outre sa durée imprécise (7 à 14 jours), Les résultats de notre étude rétrospective concernant cette recommandation ont montré 26 % d’échec. En alternative à cette recommandation, Dr R. Ismail (gastro-entérologue) a traité ses patients par la trithérapie séquentielle ou quadrithérapie bismuthée. Ces traitements sont actuellement les seuls proposés. Ils sont adoptés par la majorité des cliniciens depuis que les essais thérapeutiques à travers le monde ont montré une diminution de l’efficacité de la trithérapie classique. Cette perte d’efficacité est corrélée avec le taux de résistance à la clarithromycine 20%, Métronidazole 40%, Quinolones 15%.

Les objectifs de ce travail sont :

-Déterminer le taux d’éradication de H.pylori des deux traitements utilisés : Etude rétrospective sur dossiers de patients

-Etudier la corrélation entre les facteurs de virulence de H.pylori et la résistance aux traitements : Etude moléculaire utilisant des biopsies de patients infectés par H.pylori et souffrants de pathologies gastriques



Titre: Etude des facteurs pro-inflammatoires de l'hôte

Jusqu' en 2000 une éventuelle implication de facteur pro-inflammatoire dans la carcinogénèse gastrique et spécialement le TNF alpha n'avait jamais été décrite. Depuis, plusieurs études confirmant ce concept ont été réalisées. Elles portaient essentiellement sur les SNP -308 et -238. Aujourd'hui, le travail réalisé au laboratoire nous a permis de révéler la présence d'un nouveau SNP localisé en position -193 du promoteur du gène codant pour le TNF alpha. Ce SNP a été significativement lié à l'apparition d'ulcère chez des patients infectés par H.pylori (2). En parallèle, nous avons pu montrer l’association entre l'allèle -238 A du gène codant pour le TNF alpha et le cancer gastrique.

Les objectifs de ce travail sont:

-Etude moléculaire des effets des allèles -193A et -238A sur la production du TNF alpha chez les patients atteints de pathologies gastriques liées à H.pylori

-Vérifier leur implication dans l'hyperacidité de l'estomac par le dosage des sécrétions acides chez les patients porteurs de ces deux allèles. Ces études moléculaires seront accompagnées par des études utilisant les outils de modélisations moléculaires qui permettront de déterminer l'action de la transition G en A sur l'activité du TNF-a.

La caractérisation et la compréhension des variations génétiques du TNF-a ne seront complétées sans l'étude moléculaire de son récepteur TNFR1. Notre étude a démontré une association significative entre le génotype -609 TT et l'apparition du cancer gastrique.

-Etudier le rôle des SNPs situés sur le promoteur du TNF-a et son récepteur TNFR1 dans la carcinogénèse



Titre: Prévalence de l’infection de H. pylori dans la cavité buccale

De nombreuses études suggèrent la plaque dentaire comme un second réservoir de la bactérie notamment suite au reflux gastro-oesophagien , vomissements, endoscopie. Ceci confirme l’importance de la collaboration entre le gastroentérologue, le chirurgien dentiste et le biologiste (chercheur) afin de mener un traitement efficace et sans récidives.

C’est l’étude d’une population du Centre de Consultations et de Traitements Dentaires (CCTD) du CHU IBNOU ROCHD, CASABLANCA (Laboratoire de Santé Communautaire, Epidémiologie et Biostatistiques, Faculté de Médecine Dentaire, Casablanca et Laboratoire de Pathologie Oncologie Digestive, Institut Pasteur du Maroc, Casablanca).

Les objectifs de ce projet sont :

- Vérifier si la cavité buccale est le deuxième réservoir de H. pylori par la détection de H.pylori dans la plaque dentaire

- Déterminer la prévalence et les facteurs de risque de l’infection à H.pylori dans la cavité buccale