تتحدد مجالات عمل معهد باستور المغربي على النحو التالي :

-
تعزيز وتطوير البحث العلمي
-
المساهمة في تدريس التخصصات البيولوجية المتعلقة بهذه الأنشطة
-
إعداد أو استيراد الأمصال واللقاحات والمتخمرات والمنتجات البيولوجية اللازمة لاحتياجات البلاد في مجال الطب البشري
-
تقديم، على أساس تعاقدي، مساهمة بالخبرة والتحليل والمشورة لأي فرد وأي شركة أو إدارة أو مؤسسة إقليمية أو وطنية أو دولية أخرى